Vingt ans après la mort de Descartes, Gillot, son fidèle serviteur, assiste à la cérémonie du retour de la dépouille mortelle de son vénéré maître, à l'abbaye Sainte-Geneviève à Paris. Tout aurait pu se passer sans histoire, mais, par une indiscrétion de l'officier de police chargé d'ouvrir le cercueil en vue des formalités funéraires, Gillot apprend que le crâne, ô combien précieux, du célèbre philosophe a bel et bien disparu. C'est un mystère que le dévoué serviteur se sent le devoir d'élucider en mémoire du penseur français le plus admiré et le plus détesté par ses contemporains. Mais il y a toujours un risque à faire resurgir les secrets enfouis dans le passé, surtout quand ils touchent de près aux deux plus intouchables pouvoirs de l'époque : la royauté et la religion.